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Los cronistas de la Colonia cuentan que la primera misa celebrada en Bogotá tuvo lugar como parte del hecho mismo de la fundación de la ciudad y que fue Fray Domingo de las Casas quien la presidió el 6 de agosto de 1538, acompañado por el clérigo Antón de Lezcámez. Por su estratégica ubicación, la ciudad se convertiría en la más importante urbe y sería la sede del nuevo virreinato.

Sólo dos años más tarde, en 1540, Juan Fernández de Angulo, segundo obispo de Santa Marta, nombró Vicario general o Provisor suyo para el Nuevo Reino de Granada, con el encargo de morar en Santafé, a don Pedro García Matamoros.

En febrero de 1553 llegó a puerto samario el cuarto obispo de Santa Marta, el franciscano Fray Juan de los Barrios a quien se le entregó la cédula real, fechada en Valladolid el 22 de febrero de 1549, en la que se le mandaba residir en Santafé, orden que acató de inmediato llegando a dicha ciudad tres meses más tarde.

Desde entonces Fray Juan de los Barrios trató de trasladar la Iglesia catedral de Santa Marta a Santafé en un proceso que duró casi diez años. Fue el papa Pío IV, quien el 11 de septiembre de 1562 decidió, por solicitud directa del emperador Carlos V, trasladar la sede diocesana de Santa Marta a Santafé.

Por medio de la bula In Suprema Dignitatis Apostolicae Specula, del 22 de marzo de 1564 el mismo Pontífice oficializó el traslado de la sede episcopal de Santa Marta a Santafé y su elevación a la dignidad de arzobispado dándole por sufragáneas las diócesis de Cartagena y Popayán.

El papa Pío X declaró a la arquidiócesis de Santafé Sede Primada de Colombia el 7 de diciembre de 1902 y en enero de 1953 el papa Pío XII le dio el nombre definitivo de Arquidiócesis de Bogotá. Con el correr de los años, esta Iglesia Particular ha dado origen a numerosas circunscripciones eclesiásticas constituyéndose en verdadera “Iglesia madre” de las Iglesias en Colombia. De su territorio directamente se desprendieron las diócesis de Mérida (16 de febrero de 1778), Antioquia (31 de agosto de 1804), Nueva Pamplona (5 de septiembre de 1835), Tunja (29 de julio de 1880), Tolima (1894), la Prelatura Territorial de las Intendencias Orientales (23 de junio de 1908) y las diócesis de Zipaquirá (1º de septiembre de 1951), Girardot (29 de mayo de 1956), Facatativá (16 de marzo de 1962), Engativá, Fontibón y Soacha (6 de agosto de 2003).